根际是指与根系之间紧密结合的土壤或是岩屑质粒的实际表面，与生长根紧密相接，其内含有根系溢泌物、土壤微生物和脱落的根细胞，以毫米计的微域环境。其中，存在于根际中的土壤微生物的活动是通过影响养分的有效性、养分的吸收和利用以及调节物质的平衡，从而构成了根际效应的重要组成成分。土壤中的有些微生物能够进入到根的组织中，与根共生，就形成了共生的现象。

同真菌共生的根被称为菌根。菌丝并不侵入细胞内，只是在皮层细胞间隙中的菌根为外生菌根，例如山毛榉、松等树木的根；菌丝侵入细胞内部的菌根为内生菌根；而介于两者间的菌根为内外兼生菌根。大多数果树为内生菌根，如柑橘、李等，部分花卉也为内生菌根，如杜鹃、鸢尾等；而草莓则为内外兼生菌根。

由于菌根的形成扩大了园艺植物根系的吸收范围，并增强了根系吸收养分的能力，从而促进了地上部分光合产物的提高和生理生化代谢的进行，这在土壤贫瘠和干旱的地区，对于保持植物正常的水分代谢和养分吸收，提高园艺植物抗逆性具有着相当重要的作用。

根瘤是由于细菌侵入根部组织所导致的，这种细菌被称为根瘤菌。豌豆、蚕豆等各种豆科植物的根系均与根瘤菌共生，从而形成其显著特点。通常情况下，豆科蔬菜能够分泌某种物质以吸引根瘤菌向其根部的移动，当根瘤菌与根毛接触时，便由根毛处进入根组织，根瘤菌便在根皮层中繁殖，从而刺激皮层细胞分裂，形成很多微小的细胞，导致根组织膨大突起而形成根瘤。这样豆类蔬菜便与根瘤菌共同生活，一方面来说，根瘤菌从植物体内能够获得能量来进行生长发育；另一方面来说，根瘤菌所固定的氮素又为植物所利用。因此，创造根瘤菌所需生活条件，促进根瘤菌活动对植物生长发育具有着极其重要的作用。

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